Electrons prisonniers

http://www.pps.jussieu.fr/~kerneis/publications/rapport-m2-kerneis.pdf

Enfin, il reste la soutenance le 5 septembre...

Quelques détails supplémentaires sur mon ancien traitement, la phénylbutazone (commercialisée en France et pour les humains sous le nom de Butazolidine ®), retiré du marché par Novartis récemment ( « Le Monde » en a parlé).

D'abord, c'est un produit dopant. Du moins, pour les chevaux. Parce que ça leur permet de continuer à courir même lorsqu'ils sont blessés, sans sentir la douleur (source : The Vancouver Sun). Wikipédia (version anglaise) est aussi pleine de renseignement sur le sujet. On y apprend d'ailleurs que le nom complet de la chose est 4-butyl-1,2-diphenyl-pyrazolidine-3,5-dione.

Ensuite, ça a tout plein d'effets secondaires foireux. Plus ou moins cachés à l'époque par le laboratoire Ciba-Geigy (devenu Novartis en 1996, lors de la fusion avec Sandoz), selon les informations parcellaires récoltées sur l'internet. Tout ça avait fait grand bruit au milieu des années 1980, se soldant par un retrait du marché de l'oxyphenbutazone (un dérivé de la phénylbutazone) en 1985, et de sévères limitations sur l'usage de la butazolidine (source : The Multinational Monitor, août 1985 - je ne retrouve plus le communiqué de presse de Ciba-Geigy, si quelqu'un met la main dessus, je suis intéressé).

Si ceci ne vous décourage pas, sachez que la molécule est dans le domaine public, que les pharmaciens belges ont le droit de la préparer (en préparation dite « magistrale », c'est-à-dire qu'ils commandent le produit à un grossiste et qu'ils réalisent eux-mêmes les comprimés) et que vous pouvez vous en faire prescrire même en France : il suffit que votre médecin écrive le nom générique sur l'ordonnance (phenylbutazone, donc) et que vous trouviez un pharmacien belge près à vous fournir le médicament (plus d'informations, et un débat sur la question, sur le forum de la spondylarthrite ankylosante).

Pour ma part, je tente un autre traitement (l'indométacine). On verra bien si ça fonctionne. Sinon, j'irai vivre en Belgique. Pour quelques pilules de plus...

Commercialisées depuis 1975. Réautorisées pour la dernière fois le 18 janvier 2006. Rendant un service médical important, selon la Haute Autorité de Santé.

Important mais plus rentable. Rupture de stock depuis le 29 avril 2008. Arrêt de la commercialisation. Apparemment, ça se tramait depuis un an (signalement à la l'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Produits de Santé le 28 mars 2007) mais personne ne semblait au courant. Ni mon médecin, ni mon pharmacien.

« Recherche d'une solution palliative en cours. » C'est assez clair. Ça veut dire que je vais devoir reprendre mon protocole d'évaluation de la douleur, et tester de nouveaux médicaments.

Juste au moment où ça allait bien. Comme par hasard.

NB : pour vous remonter le moral, rien de tel que de taper sur une ministre (ne me cherchez pas, je m'étais éclipsé au moment de la photo).

Un excellent article des éconoclastes sur le localisme universitaire : http://econoclaste.org.free.fr/dotclear/index.php/?2008/05/15/1274-localisme-universitaire

Je vous laisse lire, c'est très bien écrit. Noter que le problème du parisianisme évoqué dans l'article se pose par exemple pour les élèves de l'École Normale Supérieure de Cachan, en informatique (et sans doute d'autres, mais je parle de ce que je connais). La moitié d'entre eux (au minimum) doit aller faire sa thèse en province. Tentative de régulation de la part du ministère qui fonctionne mal : de par leur formation et les contacts qu'ils nouent (Master d'informatique sur Paris, avec des professeurs quasi-exclusivement parisiens), leurs centres d'intérêt et les propositions de thèse qu'ils reçoivent sont naturellement plus orientées vers Paris. Résultat : ils vont chercher des bourses de thèse ailleurs, au lieu de prendre celles qui leur sont réservées, et privent ainsi des élèves venant de l'Université des bourses des écoles doctorales (par exemple).

J'exagère un peu, mais c'est un exemple de l'inefficacité d'une politique de planification imposée d'en-haut, au lieu de développer des incitations réelles au niveau local (même si je confesse n'avoir pas beaucoup d'idées concrètes sur le sujet).

Did it really work?

Je découvre le logiciel libre de statistiques R.

  > boxplot(tab$"500"$total ~ tab$"500"$start)
  Erreur : impossible d'allouer un vecteur de taille 762.9 Mo

Bon, il faut clairement que je me calme...

Krazy Kitty se désole :

« Ah ben tiens si tu comprends quelque chose à R tu me tiens au courant... moi je laisse ça à mes collègues, sauf quand il y a un module qui répond parfaitement à mes besoins... et que je galère lamentablement pour m'en servir. »

Ne t'inquiète pas, je t'expliquerai. En attendant, j'ai vraiment trouvé une aide utile sur les sites suivants : http://wiki.r-project.org et http://zoonek2.free.fr/UNIX/48_R/all.html. Ainsi que 2 PDF dont je ne retrouve plus les urls, et puis http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseignement.html qui semble bien fichu aussi (notamment les fiches de TD). Plus deux ou trois astuces sur les archives de mailing-lists (notamment pour trier).

Ce matin, France Inter nous parle d'Arthur, ce petit garçon de 8 ans qui a sauvé sa mère après un accident de voiture. Je cherche des détails, parce que l'information est franchement succinte (comme d'habitude sur Inter dont j'aime de moins en moins les informations mais que j'écoute pour les chroniques et les interviews).

Et je tombe sur le site de la Provence (forcément, ça s'est passé à Vaison-la-Romaine). Je vous laisse lire par vous-même les commentaires des lecteurs. J'ai trouvé particulièrement savoureux celui de zmd84 : « Cet enfant merite une medaille et sa photo a la une de la Provence. »

Décidément, il y a des gens qui devraient sérieusement songer à arrêter la drogue.

Krazy Kitty réagit à la provocation, comme prévu :

« Nan mais t'arrête de dire du mal de la Provence, toi, un peu ? C'est vachement bien d'avoir sa photo à la Une de la Provence ! Surtout dans le Vaucluse où y a quand même plus de lecteurs que dans les Basses-Alpes...

(C'est pas parce que toi et moi à 8 ans on savait aussi appeler les secours tous seuls et même trouver une cabine téléphonique et que personne n'en aurait attendu moins de nous qu'il ne faut pas se réjouir...)

Perso je préfère de toute façon le commentaire précédent et ses fautes d'orthographe : « vraiment bravo petit homme est sa on le montre pas a la tele de peur que sa choc lol » (c'est le commentaire qu'il faut éviter de montrer à la télé de peur que ça choque, non ?) »

Bon, ce n'était pas une vraie provocation ;-) Il y a aussi gilles04500, qui lui donnerait bien la légion d'honneur. C'est vrai que ce serait un minimum. Au fait, Arthur a déclaré à France Inter qu'il voulait devenir pompier.

  if ((c = strchr(srv_socket[i].addr, ':')) != NULL) {
  	*c++ = '\0';
  	port = (short) atoi(c);
  }

Remarquez la remarquable arithmétique de pointeurs qui permet, en trois instructions, de séparer une chaîne au format "addr:port" en une chaîne addr et un entier port.

Par contre, on ne peut pas dire que ce soit IPv6-ready.

(source : fichier d'exemple server.c de la bibliothèque "State Threads")

J'essaye vaguement de faire fonctionner le lien "votez pour ce billet sur wikio", au début par curiosité, et maintenant par obstination stupide parce que je n'aime pas quand les choses me résistent.

Alors si par hasard il fonctionne chez quelqu'un, merci de me le signaler (j'ai l'impression que c'est une sombre histoire d'encodage d'url).

Mise à jour : non seulement j'ai réussi à résoudre le problème, mais j'ai en plus reçu un mail d'un employé de Wikio qui me proposait de m'aider, moins de deux heures après avoir posté mon billet. Il faut croire que leur système de surveillance de l'actualité et des blogs est vraiment performant ! Mise à jour (25 avril) : bon, en fait ce n'est pas complètement résolu. Je viens d'envoyer un mail à Wikio leur demandant de corriger leur service, on va bien voir si je serai entendu.

C'est reparti. J'avais mille choses à vous dire mais je les ai oubliées. Enfin, le blog est réparé, les liens fonctionnent tous (y compris dans le fil RSS, si je ne me suis pas trompé), alors ça va reprendre son cours petit à petit.

Juste pour dire qu'unicode c'est bien, latin9 aussi, mais que faire cohabiter les deux, c'est la misère (et ce n'est pas près de s'arranger). luit, peut vous être d'un grand secours dans ce genre de situation. Et je viens de réaliser qu'il a été écrit (originellement) par mon maître de stage. Le monde est petit.

À propos de stage, il se passe bien, même si la recherche a tendance à révéler mon côté maniaco-dépressif, j'ai l'impression. En ce moment, c'est la phase maniaque, j'en profite. J'en reparle dès que possible.

J'ai évoqué, il y a quelques mois, une affection chronique, générant des douleurs pour lesquelles j'ai mis en place un protocole d'évaluation. Naturellement, cela a suscité quelques interrogations et inquiétudes. Pour clarifier les choses, et rassurer ceux qui pourraient se faire du souci sans oser me poser la question directement, voici les détails.

Je souffre (plus ou moins selon les jours) d'une spondylarthrite (autrefois qualifiée d'ankylosante, maladie également connue sous le nom de pelvispondylite rhumatismale, entre autres). Internet regorge d'explications sur le sujet et les curieux liront avec profit :

• le dossier de la SFR qui répond à quasiment toutes les questions que vous pourriez vous poser (très bien rédigé et didactique) ;
• le dossier de doctissimo, nettement plus concis ;
• l'article de Wikipédia qui n'est pas trop mal fichu.

Pour ceux qui n'aiment pas les liens ou préfèrent un point de vue plus subjectif, voici une petite synthèse personnelle.

La spondylarthrite, ce sont des rhumatismes. Sauf que ça n'attend pas que les gens soient vieux. Comme tous les rhumatismes, ça fait mal aux articulations. La spondylarthrite a une prédilection particulière pour les articulations sacro-iliaques, celles tout en bas du dos, de part et d'autre de la colonne vertébrale, au-dessus des fesses. Elle touche également la colonne elle-même et par extension toutes les articulations, mais c'est plus rare (chez moi, il s'agit épisodiquement des mains, coudes et genous, exceptionnellement de la cage thoracique).

La spondylarthrite a un caractère héréditaire très net : le gène H.L.A. B27 est présent chez 90% des malades. Je suis dans les 10% restants, sinon ça ne serait pas drôle. Tout comme deux autres membres de ma famille qui souffrent aussi de rhumatismes, d'ailleurs. En réalité, c'est une maladie multigénétique et l'on n'a pas identifié tous les gènes impliqués à l'heure actuelle.

La spondylarthrite était une maladie grave car elle pouvait mener vers une ankylose (paralysie) et notamment une rigidité de la colonne vertébrale. Ce qui est assez gênant, parce que lorsque tu es raide comme un balai, tu tombes plus facilement, et la colonne tout aussi aisément. Enfin c'est un cas extrême,et c'est devenu de plus en plus rare grâce aux traitements. Il existe des questionnaires qui permettent d'évaluer à quel stade de la maladie on se situe. La dernière fois que mon médecin me les a fait remplir, j'ai obtenu 3,6/10 à l'un (la maladie étant considérée comme évolutive à partir de 4) et 5/40 à l'autre. Autant dire que je suis loin d'être à un stade inquiétant.

Au quotidien, la maladie est toutefois légèrement handicapante. Courir rapidement sans échauffement préalable (par exemple pour attraper le bus au bout de la rue) peut me déclencher des douleurs modérées aux jambes pour un ou deux jours. Pratiquer le kung-fu devient régulièrement un défi, m'obligeant à être très attentif aux signaux que m'envoie mon corps pour trouver les positions et les mouvements qui limiteront la douleur au maximum. Mais ces douleurs récurrentes mises à part, je vis bien. Je peux randonner en montagne une journée, pourvu que mon sac ne soit pas trop lourd, par exemple.

Le traitement que je prends pour l'instant est purement symptomatique : il ne fait qu'agir sur l'inflammation des articulations, et les douleurs quand elles deviennent trop pénibles. Les traitements de fond, qui s'attaquent directement à la maladie elle-même, sont plus longs à agir, et peuvent voir leur efficacité décliner au cours du temps. C'est pourquoi on préfère s'en tenir aux traitements symptomatiques tant qu'ils sont efficaces.

Je suis en vie, et heureux. Malade, mais plutôt en bonne santé. Ne vous inquiétez pas pour moi, du moins pas trop et ne focalisez pas là-dessus.

Je pense avoir répondu aux interrogations les plus fréquentes. Encore une fois, si vous voulez en savoir plus, allez lire le dossier sur le site de la SFR, il est remarquable. Et n'hésitez pas à m'écrire s'il vous reste encore des questions après ça.

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Commence demain matin, lundi 4 février 2008, ce qui sera selon toute vraisemblance les deux dernières semaines d'examens de ma vie. À cette occasion, le monde se divise en deux catégories (pas forcément disjointes) : ceux qui essayent de me rassurer et ceux qui me mettent la pression pour que je donne un dernier coup de collier. Fort nécessaire, attendu que mes résultats conditionneront fortement les conditions d'obtention de ma bourse de thèse, thèse qui occupera, je le rappelle, l'essentiel des trois prochaines années de ma vie.

Bon, en fait il y a une troisième catégorie : ceux qui s'en moquent.

Je vous tiens au courant dès que tout ce bazar est terminé. Ou alors quand j'aurai les notes. Ou alors jamais, j'aurai peut-être des choses plus intéressantes à raconter à ce moment-là (vu que je serai en stage).

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Chose promise, chose due. N'ayant même plus l'excuse de ne pas savoir dire "logiciel" en LSF (langue des signes française), ma professeur m'ayant fait parvenir la video suivante (au format quicktime), je me suis attelé à la tâche de résumer mon sujet de stage en LSF.

Comme je ne suis pas certain que le résultat (au format mpeg) soit très intelligible, même pour un sourd (c'est beaucoup plus difficile tout seul devant sa caméra que lorsqu'on explique interactivement à quelqu'un), voici une petite traduction :

« Bonjour. Je m'appelle Gabriel. Qu'est-ce que c'est, mon stage ? C'est un stage de recherche en informatique. Considérons deux logiciels. Le premier est bizarre, compliqué. Le deuxième est simple, carré. Et on transforme le premier logiciel en le second.

Ce que fait le premier logiciel ? Ce n'est pas important. Et le second ? Non plus. La transformation de l'un à l'autre, c'est cela qui est important. En effet, on ne comprend pas cette transformation. Elle est bonne, elle fonctionne, mais on ne sait pas pourquoi.

Mon stage consiste à chercher et comprendre ce qui se passe lors de cette transformation.

Merci. »

Merci aussi de me signaler tout problème rencontré pour lire les vidéos.

Gabriel ajoute a posteriori :

En tapant cette traduction, je réalise que j'ai oublié d'expliquer que les deux logiciels (le compliqué et le simple) font la même chose, et que c'est ça le but : vérifier que la transformation ne change pas le comportement. En plus, ce n'est pas très difficile à dire, mais bon là j'ai franchement pas le courage de recommencer juste pour ça.

Aujourd'hui, j'ai réussi à expliquer l'idée de mon stage en LSF (langue des signes française). Bon, je ne suis pas rentré dans les détails, mais j'ai réussi à dire que je bossais sur de la transformation de programme, que l'important n'était pas le programme de départ ou d'arrivée mais bien la transformation elle-même, et que le but de ma recherche était d'expliquer pourquoi elle fonctionnait bien. J'ai aussi réussi à dire que l'on passait d'un programme de haut niveau à un programme de bas niveau, et j'ai un peu menti en disant que le premier était plus compliqué que le second (je voulais dire plus compliqué à analyser, quoique plus simple à écrire, mais j'ai senti que j'étais en train de perdre mon interlocutrice - dont la formation est très éloignée de l'informatique théorique - alors je me suis calmé).

Si je trouve le courage, j'essaye de me filmer et de mettre ça en ligne, ça serait comique (mais je doute d'avoir le courage en question). L'ennui c'est que j'ai déjà oublié comment on dit logiciel, en fait...

Sinon, pour ceux qui veulent une présentation un peu plus formelle, le sujet est disponible.

Vous connaissez la différence entre un chercheur, un ingénieur et un informaticien ? La description m'a bien fait rire, et elle est disponible chez Linux Attitude.